Lagunas En el Parque existen un total de 235 lagunas identificadas (de 10 Has). Estas lagunas se encuentran aisladas o unidas por ríos pequeños a manera de cadenas lacustres ubicadas en los valles o "cajas" (de aquí se deriva su nombre). En el Área se originan ríos que desembocan en otros a su vez tributarios del Pacífico y del Amazonas. Aquí se originan el Yanuncay y el Tomebamba, ríos que atraviesan el valle de la ciudad de Cuenca.

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Fauna

Los animales que se han observado con mayor facilidad en el parque son los conejos, patos y truchas. Además existen venados de cola blanca, oso de anteojos, puma, venados del páramo, conejo del páramo, curiquingues, tapir andino, gaviotas andinas y otras aves del páramo.

• Especies en Extinción: El cóndor, cervicabra, puma y venado.

• Especies Simbólicas: La fauna representativa del lugar son conejos, patos y entre las aves las más importantes está el caracará, cóndor y tucán andino.

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Flora

 Parque Nacional Cajas está constituido, en su gran mayoría, por Bosque Pluvial Sub-Alpino, conocido comúnmente como páramo. El Cajas proporciona alrededor del 60% del agua potable para la ciudad de Cuenca. Dos de los cuatro ríos de Cuenca son originarios de el Cajas, los ríos Tomebamba , Yanuncay y Paute, que eventualmente desembocan en la Amazonía. El Parque Nacional Cajas y la Reserva es claramente un hermoso desierto de valles, lagos, altas vistas y formaciones rocosas de páramo. El suelo del páramo se encuebtra recubierto por una gran capa de paja además de una gran variedad de plantas en forma de almohadilla, que se constituyen en verdaderos reservorios de agua en el suelo. También se encuentran un sinnúmero de especies de pequeños arbustos.
En los alrededores del Parque Nacional Cajas se puede encontrar una gran variedad de animales, entre los que se destacan están  el Cóndor Andino, la perdiz, el colibrí, el cuchipau, el curiquinga, el chaupau, el mirlo y la pava de monte. Además existen venados de cola blanca, oso de anteojos, puma, venados del páramo, conejo del páramo, curiquingues, tapir andino, gaviotas andinas y otras aves del páramo. La avifauna está compuesta de 157 especies de aves.

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